Tổ chức Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Trường THPT Phú Xuân ra đời và hoạt động theo tiến trình xây dựng và phát triển của Nhà trường. Hoạt động của tổ chức Đoàn TNCS Hồ Chí Minh tuân thủ theo hướng dẫn của Thành Đoàn Buôn Ma Thuột và sự lãnh đạo trực tiếp của Chi bộ Đảng Nhà trường. Từ năm 2002-2009, tổ chức Đảng của Nhà trường chưa được thành lập nên hoạt động của Tổ chức Đoàn gặp rất nhiều khó khăn, sự nhiệt tình của Đoàn viên thanh niên chưa được sự quan tâm chỉ đạo đúng mức của Ban Giám Hiệu Nhà trường nên nhiều năm liền Đoàn Trường chỉ được đánh giá đạt loại Khá. Từ năm 2009 đến nay, với sự ra đời hoạt động và chỉ đạo của Chi bộ Đảng, Đoàn viên thanh niên đã tích cực tham gia hoạt động và đã có nhiều Đoàn viên ưu tú đứng vào hàng ngũ của Đảng.

Lúc mới thành lập, tổ chức Đoàn TNCS Hồ Chí Minh của Trường chỉ có 6 chi đoàn và đến nay, qua nhiều chặng đường phát triển toàn Trường có 21 Chi Đoàn và 4 Chi Hội LHTN, trong đó có 1 Chi Đoàn Giáo viên làm nòng cốt và 20 Chi Đoàn Học sinh của các khối lớp.

Trong hoạt động của Nhà Trường, hoạt động của Đoàn không nằm ngoài mục tiêu hoạt động của Hội đồng sư phạm Nhà Trường. Tổ chức Đoàn đóng vai trò quan trọng trong việc thực hiện nhiệm vụ chính trị, tuyên tuyền, giáo dục nâng cao đạo đức học sinh thông qua công tác nề nếp, thi đua đồng thời thúc đẩy hoạt động phong trào nâng cao kĩ năng sinh hoạt tập thể, kĩ năng xã hội cho Học sinh. Hàng năm, căn cứ vào thực tiễn của Nhà Trường, căn cứ vào hướng dẫn của Ban Thường Vụ Thành Đoàn Buôn Ma Thuột, Đoàn Trường triển khai các kế hoạch hoạt động cụ thể phù hợp với điều kiện của cơ sở và theo đặc thù của cơ sở giáo dục: hoạt động phải gắn với ý nghĩa thiết thực trong giáo dục và rèn luyện nhân cách, kĩ năng cho Học sinh. Mặc dù, hoạt động của tổ chức Đoàn có phần khiêm tốn nhưng cũng tạo được dấu ấn riêng, thực hiện tốt nhiệm vụ chính trị mà Chi bộ Đảng giao phó.

Trong chặng đường phát triển của tổ chức Đoàn, chúng ta cùng ghi nhận những đóng góp của các thế hệ bí thư Đoàn trường:

Từ năm học 2002-2003 đến năm học 2005-2006: Đồng Nguyễn Trâm Anh

Từ năm học 2006-2007 đến năm học 2007-2008: Chu Minh Huy

Từ năm học 2008-2009 đến 2015-2016: Trần Chí Quang

Từ năm học 2016-2017 đến 2017-2018: Đinh Thị Phương Linh 

Từ năm học 2018-2019 : Đoàn Thị Quỳnh Thư 

Với chủ trương nâng cao chất lượng tổ chức Đoàn trong thời kì hội nhập, Đoàn Trường đã chủ đồng đưa ra chương trình kế hoạch thúc đẩy hoạt động phong trào của Nhà Trường, trong đó tiếp tục chú trọng giáo dục đạo đức tư tưởng cho Học sinh thông qua các hoạt động cụ thể; đẩy mạnh công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ Đoàn, tạo lực lượng hạt nhân thúc đẩy phong trào của các Chi Đoàn; đồng thời tăng cường các hoạt động mang tính rèn luyện kĩ năng cá nhân, kĩ năng xã hội cho Đoàn viên thanh niên phù hợp với nội dung giáo dục thời kì mới.

Với 9 Đồng chí trong Ban Chấp Hành, Đoàn Trường tin tưởng sẽ thực hiện thắng lợi Nghị quyết Đại Hội đóng góp vào thành công của sự nghiệp giáo dục chung của nhà Trường.